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Die Biologen Johann Beck und Dr. Bruno Hügel haben aktuell eine Arten-Bestandsaufnahme mit Kartierung des gesamten Baumbestandes ab einem Stammumfang von 60 cm in 130 cm Höhe als Gutachten vorgelegt. Das Ergebnis bestätigt, dass der nördliche Teil des Kapuzinergartens nicht nur aus historischen Gründen, sondern auch aus Sicht des Biotopschutzes uneingeschränkt erhaltenswert ist.
Insgesamt fallen 51 Bäume unter die Baumschutzverordnung, darunter eine Eiche mit 360 cm Stammumfang. Bei diesem Baumbestand ist es unverständlich, wie man den Garten als "Bolzplatz" deklassieren kann.
Besonders interessant sind die Ulmen, deren Bestand derzeit in Bayern von einer schweren Baumkrankheit befallen sind. Die Ulmen im Kapuziner-Garten hingegen sind kerngesund, was vielleicht ihrer isolierten Lage zuzuschreiben ist.
Der Bestand setzt sich zusammen aus: Traubeneiche, Stileiche, Bergahorn, Spitzahorn, Flatterulme, Esche, Walnuss, Winterlinde, Sommerlinde, Robinie, Serbische Fichte, Fichte.
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